După milenii de existenţă, şişeştenii au rămas creştini ortodocşi. Primul lăcaş de cult creştin, cunocut la Şişeşti, ar fi o ctitorie din secolul XVII, avându-şi temelia lângă curtea moşierului Bengescu, loc rămas în memoria băştinaşilor dub denumirea ,, Stâlpii bisericii”. Zona despre care vorbim se află în imediata apropiere a actualului cimitir , în marginea şoselei către Ilovăţ, într-o pădurice de salcâm. Tot aici se află şi unul dintre cele mai vechi cimitire. După demolarea curţii boiereşti a Bengeştilor, în anul 1909, localnicii au început să planteze aici nişte pomi fructiferi, dar, în timpul săpăturilor au dat de schelete ale morţilor înhumaţi aici, o dovadă evidentă a exitenţei acestui cimitir. Spaţiul fiind mic, numai de circa 2000 metri patraţi, a fost închis, deschinzându-se alt cimitir în luncă, peste râul Coşuştea, la gura văii Udupului, dar tot în suprafaţa mică, numai de 1500 metri patraţi. Acesta a fost folosit până în 1909, când a fost deschis un nou cimitir, de data asta în sat care se foloseşte şi azi, în suprafaţă de 5000 metri patraţi şi în care prima înmormântare a fost a tânărului Gheorghe Traşcă. În ambele cimitire, descrise până aici, nu au fost construite monumente funerare sau bolţi. Totuşi, în cimitirul din luncă , s-a conservat şi dăinuie o singură cruce de piatră, cu inscripţie vizibilă: ,,Aici odihnesc Ion Popescu, mort în 1880, aprilie, în etate de 46 de ani şi consoarta sa Floarea, moartă în anul 1875.
Trebuie spus că localnicii împart satul Şişeşti în două: Şişeştiul de sus şi Şişeştiul de jos ,deşi , în toate hărţile ţării noastre nu apare decât un singur sat, pe nume Şişeşti. O posibilă explicaţie privind această împărţire care datează de secole , ar putea fi că satul se întinde liniar de-a lungul drumului judeţean care merge spre Ilovăţ, pe o distanţă mare, de peste 4 km. Fiecare ,, sat” şi-a construit biserica sa, şcoala sa, cimitirul său, tocmai pentru a nu fi nevoiţi să parcurgă distanţe mari până la ele .
Revenind la biserica veche, ctitorită din lemn şi nuiele, fără turlă, probabil prin secolul VII şi, ca orice biserică de acest fel, mică şi neîncăpătoare, ea nu a durat mult, căci enoriaşii au dărâmat-o şi au construit alta numai din lemn , tot pe locul numit Stâlpii bisericii, însă mai spre nord cu 50 de metri de locul unde fusese biserica cea veche din nuiele.
După ce stăpânirea îi strămută, în jurul anului 1830 pe localnicii din văile sudice ale Coşuştei în perimetrul actualei aşezări , a fost construit un nou lăcaş de cult creştin, în anul 1835, pe un loc dăruit de familia Gujbă, în imediata apropiere a curţii boiereşti a Bengeştilor. Noua biserică era zidită în întregime din cărămidă arsă şi avea o turlă impunătoare deasupra intrării. Ctitoră era moşiereasa Stanca Bengescu şi copiii săi, căci la data ctitoririi, paharnicul Gheorghe Bengescu răposase, după cum se spunea în pisania bisericii. Biserica a funcţionat până în anul 1909 când, din cauza unor calcule greşite, stăpânirea a dispus demolarea ei pentru a se construi cea de azi, fiind folosite multe materiale din vechea construcţie.
Actuala biserică din Şişeştii de jos a fost ridicată între anii 1909-1935. Construirea ei a început din iniţiativa unui comitet local, în frunte cu preotul Constantin Ionescu, parohul acestei parohii şi membrii : Ion Trandafirescu( învăţător), Ghiţă Rovenţa ( proprietar), aceştia fiind şi epitropi, Ion Niţulescu (cântăreţ), Constantin Partenie şi Vasile Tudor, membrii .
Lucrarea în întregime, până la pictură, a fost încredinţată maistorului arhitect Achim Marcovici din Baia de Aramă , fiind tocmită la data de 16 aprilie 1909, cu suma de 10.000 de lei. Până în anul 1910, a lucrat doar soclul pentru care a primit suma de 3.596 lei, iar restul până la 6.000 de lei când a terminat soclul, din piatră cioplită, calcar albu, la înălţimea de 1 metru, aşa cum se vede azi.
Restul lucrării, până la acoperiş pe roşu, a fost continuat de un alt meşter pe nume Belinie,cu fiul său Napoleon ,un italian, care a terminat-o pe roşu până în anul 1924. Au primit pentru această lucrare suma de 12.500 de lei, rămânând doar tencuielile şi zugrăvitul.
Până la sfârşitul anului 1914, a fost pus şi acoperişul de fraţii Anton şi Ignatz Vanderti din Drobeta Turnu Severin , lucrat din tablă galvanizată. Din cauza unor certuri ivite între membrii comitetului parohial, ca şi din cauza primului război mondial, lucrările au sistat. Au fost reluate mult mai târziu , ajungând să se termine cu pictura abia în vara lui 1935, operaţie executată de pictorul Ştefan Preda din Izvorăneşti – Mehedinţi.
Clopotul bisericii se află în turla cea mare, în greutate de circa 45 de kg. A fost adus de la biserica dărâmată în anul 1909 şi aşezat la început pe o clopotniţă improvizată din stâlpi de lemn, iar după ce s-a ridicat zidăria bisericii noi, a fost aşezat în tinda bisericii, de unde se trăgea la sărbători ( deşi serviciile religioase se făceau la biserica filială din Şişeştii de Sus), ca şi înmormântările din Şişeştii de Jos. În timpul ocupaţiei germane din 1916, fusese luat de nemţi şi dus în curtea Primăriei Şişeşti, unde erau strânse toate obiectele de aramă confiscate de nemţi, pentru a fi duse în Germania. De aici, a fost furat într-o noapte de Ioana Ghe. Istodor (căsătorită Gujbă) cu bunicul ei Dumitru Bogangiu şi îngropat în grădina casei lor, de unde a fost scos după plecarea nemţilor şi urcat în turla bisericii, unde se află şi azi.
La 8 decembrie 1935, este sfinţită noua biserică, având hramul Sfântul Grigorie Decapolitul , preot fiind Victor Ionescu, epitropi Ghiţă Rovenţa şi Ioan Ghionea, primar Ion C. Daia, iar comitetul parohial compus din: preot C. Ionescu, învăţător Ion Trandafirescu, Ghiţă Rovenţa, C. Partenie, D.Teodorescu, preot Victor Ionescu , învăţător Ioan Ghionea , Nic. Stănescu , Iancu I.R. Fota, Gh.I.R. Fota , învăţător Titu Rovenţa, Ion Niţulescu şi Dumitru Istodor ( cântăreţi bisericeşti), Ioan P.Dinuţ, Ilie Ceaucă, C.I. Răducan, C.R.Gujbă, Ion Pătrucă, învăţător C.Murgilă, Pătru N.Marin , D.N.Rostogolea, C.I.Staicu, Gr. Bălaşa, D.B.Gujbă, M.Traşcă, C.Giurcă, M.I.Gagea, C.I.Brânduşescu, Gh.I.Cimpoca, Gh. Seimeanu, Gh. Istodor, Ion C.Daia.
Ca aspect, prin arhitectură şi proporţii ( 28/8 m), această biserică din Şişeştii de Jos este una dintre cele mai frumoase biserici din judeţ. E construită în formă de cruce, cu absidele hexagonale pe un soclu înalt de piatră albă cioplită, cu pereţii drepţi, fără alte ornamentaţii decât simple cebucării, dar frumos executate, sub acoperiş cu un puternic brâu.Pe frontispiciu se găsesc trei icoane: în mijloc icoana hramului, Sfântul Grigorie Decapolitul, în dreapta icoana Sfântului Apostol Iacob, fratele Domnului, în stânga icoana Sfântului Apostol Toma.
Pe pereţii laterali, la miazăzi este pictată icoana Sfântului Apostol Tadeu, iar la miazănoapte icoana Sfântului Apostol Simeon, toţi aceştia încadraţi în frizuri puţin proeminente, dar foarte frumos stilizate. Aceste frizuri se continuă pe pereţii bisericii, înconjurâdu-o. Mai jos, la circa 1,50 metri, este iarăşi un brâu, dar mai mic decât cel de sub acoperiş, din care se prelungeşte în jos, până la soclu, o formă de stâlpi pătraţi amplasaţi în toate colţurile absidelor şi a altarului. Intrarea în biserică se face printr-un pridvor deschis, susţinut pe patru coloane rotunde, cu arcade pe capiteluri frumos ornate. Din pridvor se pătrunde în pronaos, traversând o tindă închisă şi ai cărei pereţi sprijină cele trei turle ale bisericii. Din tindă se urcă pe o scară în turla cea mare, unde se află clopotul. Tot de aici, de pe o platformă, care e la baza turlei mari, se pătrunde pe o uşă în cafasul ce se găseşte deasupra intrării, partea inferioară a pronaosului.
Bolţile bisericii din pronaos,naos şi altar sunt lucrate din lemn, foarte bine reuşite. Pronaosul are o singură boltă sprijinită pe pereţii laterali, pe toată lungimea ei şi se desparte de naos doar prin două coloane laterale, pătrate, legate de zid, în partea de sus cu o arcadă puternică, pe care se sprijină bolţile naosului şi pronaosului.
Naosul are, de asemenea, o singură boltă care se sprijină pe alte două semibolţi, ale căror două sânuri fac legătura în mod armonios, cu cele două coloane ce despart naosul de altar.
Catapeteasma este din lemn, foarte simplă, cu nişe pentru icoane, cu uşi diaconeşti şi împărăteşti fixată pe cele două coloane ce despart naosul de altar şi care nu face legătura sus, cu arcada de susţinere a bolţii. Catapetesma a fost lucrată la Şcoala de meserii din Braşov, de către fiul părintelui Constantin Ionescu, Benedict Ionescu, pe atunci inginer şi director al acestei şcoli, ulterior conferenţiar la catedra de matematică a Facultăţii de Politehnică din Bucureşti. Mobilierul e simplu, fără ornamentaţii sculpturale.
Pictura acestei biserici este executată în ulei de pictorul Ştefan Preda din Izvorăneşti, judeţul Mehedinţi, în stil neobizantin.
De menţionat este faptul că sfinţii sunt foarte bine executaţi, având aureole aurite, iar între medalioane şi chenarele icoanelor se găsesc ornamentaţii florale, stilizate de toată frumuseţea, încât şi din acest punct de vedere, pictura este foarte bogată, respectându-se întru totul iconografia noastră tradiţională, reuşită şi ca tapet general, care se armonizează perfect cu coloritul viu din interiorul luminos al bisericii.